Si quieres migrar la configuración de tus sitios web y pools de un servidor a otro utiliza este procedimiento.

Antes que nada, copia los archivos de tus sitios web de tu servidor original al nuevo.

Ahora abre un command prompt y ejecuta estos comandos en el servidor original (crea previamente la carpeta c:\migracion):

%windir%\system32\inetsrv\appcmd list apppool /config /xml > C:\migracion\apppools.xml

%windir%\system32\inetsrv\appcmd list site /config /xml > C:\migracion\sites.xml

Ahora abre estos archivos y quita las pools y los sitios web que no quieras copiar o sobreescribir en el servidor nuevo. Te recomiendo utilizar un editor de texto que reconozca los archivos XML para que puedas distinguir dónde empieza y termina cada elemento. Un buen editor es notepad++.

Ahora copia los dos archivos al nuevo servidor y ejecuta los comandos de restauración correspondientes. Aquí es importante el orden porque primero tienen que existir las pools para que los sitios se puedan crear.

%windir%\system32\inetsrv\appcmd add apppool /in < C:\migracion\apppools.xml 

%windir%\system32\inetsrv\appcmd add site /in < C:\migracion\sites.xml

Si te sale un error (a mí me salió el 80004005) es porque te al eliminar algún sitio o pool lo hiciste mal y desbalanceaste los tags de inicio y fin. Chécalo bien. Ahora cierra y abre tu IIS manager y ve cómo aparecen todos tus sitios y pools. 😀

Nota: Probado de un servidor IIS 8 a otro IIS 8. Fuente: Microsoft Pro